A partir de 2006, a livraria Unesp não operará mais no tradicional endereço da Alameda Santos, em São Paulo. Muda-se para um endereço ainda mais tradicional da cidade: a Praça da Sé, 108, onde funciona a sede da Fundação Editora Unesp. A partir da próxima segunda, dia 5, a livraria da Alameda Santos suspende temporariamente suas atividades para iniciar a ocupação de seu novo espaço no centro histórico de São Paulo. Já a loja do campus da Unesp em Marília (SP) inicia suas atividades no próximo dia 20 de setembro, continuando o processo de abertura de livrarias nas cidades do interior do Estado onde a Unesp está presente. As livrarias da FEU, além de livros de editoras em geral, oferecem edições de editoras universitárias e revistas científicas. O espaço das Livrarias está também voltado para lançamentos, exposição de arte e saraus. Além do endereço em São Paulo, a FEU possui lojas em Araraquara (Rodovia Araraquara-Jaú, km 01 – mezanino do Restaurante do Campus) e em Bauru (Campus da UNESP de Bauru – Av. Engenheiro Luiz Ed. Carrijo Coube, s/nº).